CIP清洗系統能保證一定的清洗效果，提高產品的安全性；節約操作時間，提高效率；節約勞動力，保障操作安全；節約水、蒸汽等能源，減少洗滌劑用量；生產設備可實現大型化，自動化水平高；延長生產設備的使用壽命。CIP清洗的作用機理化學能主要是加入其中的化學試劑產生的，它是決定洗滌效果主要的因素。 酸、堿洗滌劑的優點有：酸洗能通過化學反應去除鈣鹽和礦物油等殘留；堿洗能通過皂化反應去除脂肪和蛋白等殘留。
缺點有：水洗性差。
滅菌劑的優點有：殺菌效果迅速，對所有微生物有效；稀釋后一般無毒；不受水硬度影響；在設備表面形成薄膜；濃度易測定；易計量；可去除惡臭。
缺點有：有特殊味道；需要一定的儲存條件；不同濃度殺菌效果區別大；氣溫低時易凍結；用法不當會產生副作用；混入污物殺菌效果明顯下降；灑落時易沾污環境并留有痕跡。
CIP清洗系統的影響因素
1.物料與清洗表面的吸附力
污染物或殘留料液和被清洗體表面的吸附力越大，越難以清洗。
2.清洗體表面粗糙度
被清洗體表面越粗糙，越難以清洗。一般設備罐內表面的粗糙度要求Ra≤0.4 μm。
3.清洗時間
一般來說，清洗的時間越長，效果則越好。但在工業化生產中必須保證生產的速率，通常清洗時間為2～3倍的*覆蓋時間。整個在位清洗流程的每一步，都以清洗時間為運行時間。
4.清洗溫度
如果存在蛋白類物質，盡可能在不改變其性質的情況下去除蛋白類物質，預沖洗需要在合適的溫度下進行。后續的沖刷和洗滌應該在更高的溫度下進行，一般為60～80 ℃，以提高洗液溶解其他污染物質的能力。
5.清洗液的濃度和形式
根據洗滌劑的去污能力以及其殘余漂洗的難易程度選擇合適的洗滌劑。
